PowerOMICS na antenie TVP Białystok – przedstawiamy kulisy naszego projektu
Projekt PowerOMICS był tematem materiału przygotowanego przez TVP Białystok, który przybliża ideę...
Czytaj więcej
Jesteśmy częścią Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku.
Innowacyjne podejście w onkologii precyzyjnej łączące analizy multiomiczne z danymi klinicznymi i zaawansowaną bioinformatyką.
Projekt „PowerOMICS: opracowanie i walidacja modeli diagnostyczno-prognostycznych opartych na integracji danych multiomicznych i klinicznych u pacjentów z nowotworami litymi” - nr projektu: KPOD.07.07-IW.07-0217/24, finansowany przez Agencję Badań Medycznych (ABM) ze źródeł Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności.
Materiał biologiczny pacjentów onkologicznych z klinik uniwersyteckich przechowujemy w nowoczesnym biobanku.
Przeprowadzamy analizy multiomiczne metodami NGS w nowoczesnych laboratoriach genomowych.
Wykonujemy zaawansowane analizy bioinformatyczne i modelowanie danych.
Opracowujemy modele prognostyczne do zastosowania w praktyce onkologicznej.
Współpracujemy z:
Innowacyjne laboratoria badawcze działające w ramach Centrum Badań Klinicznych UMB.
Najnowocześniejsze laboratorium genomowe w Polsce
Sekwenatory NGS o największej przepustowości i zasoby obliczeniowe do zaawansowanych analiz multiomicznych.
Bliskość kliniki i pacjentów
Badania translacyjne realizowane dzięki bieżącemu dostępowi do próbek onkologicznych i danych klinicznych w ramach ścisłej współpracy ze szpitalem klinicznym i profesjonalnym biobankiem.
Interdyscyplinarny zespół
Ścisła współpraca doświadczonego zespołu klinicystów, biotechnologów, biologów molekularnych i bioinformatyków, skoncentrowanych na wspólnym celu badawczym.
Silne zaplecze instytucjonalne
Uniwersytet Medyczny w Białymstoku — jedna z najlepszych uczelni medycznych w Polsce.
Aktualności
Świat naszych badań – najnowsze informacje z zespołu
PowerOMICS na konferencji MRCP 2025 dla absolwentów Uniwersytetu Harvarda
Projekt PowerOMICS zostanie zaprezentowany na I Konferencji Medical Research Club...
Czytaj więcej
W Molecular Oncology ukazała się nasza publikacja nad rolą edycji miRNA w raku jajnika
W najnowszym badaniu opublikowanym w Molecular Oncology nasz zespół wykazał,...
Czytaj więcej
Jesteś naukowcem?
Zapraszamy badaczy zainteresowanych analizami multiomicznymi do wspólnych projektów
- Dostęp do unikalnych zbiorów danych multiomicznych obejmujących tysiące próbek
- Współpraca z laboratorium genomowym (LGAE UMB) wyposażonym w technologie sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i analiz pojedynczych komórek
- Współpraca z laboratorium obliczeniowym (LOMM UMB) w zakresie wykorzystania zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych i infrastruktury obliczeniowej
Reprezentujesz firmę B+R? Nawiąż z nami współpracę i rozwijaj innowacje w medycynie
- Wspólne badania B+R w zakresie opracowywania molekularnych testów prognostycznych i predykcyjnych w medycynie precyzyjnej
- Dostęp do nowoczesnych technologii genomowych i multiomicznych (NGS, single-cell) oraz zaawansowanych analiz bioinformatycznych
- Wsparcie komercjalizacji: od badań naukowych przez analizy translacyjne po transfer technologii
Jesteś studentem? Rozwijaj się z nami i zdobądź doświadczenie w badaniach biomedycznych
- Zdobycie praktycznego doświadczenia w nowoczesnym laboratorium genomowym lub obliczeniowym: praca z danymi multiomicznymi i zaawansowanymi narzędziami bioinformatycznymi
- Współpraca z interdyscyplinarnym zespołem badawczym przy ciekawych projektach naukowych
- Mentoring i wsparcie w rozwoju kariery naukowej (prace dyplomowe, doktoraty, konferencje, granty)
Jesteś przedstawicielem mediów? Skontaktuj się z nami po rzetelne informacje i komentarze ekspertów.
- Wywiady i konsultacje z ekspertami z zakresu genetyki, genomiki i nowoczesnych analiz molekularnych (onkologia, choroby rzadkie, metaboliczne)
- Rzetelne informacje oparte na aktualnych badaniach naukowych i danych klinicznych
- Wsparcie merytoryczne w przygotowaniu materiałów popularnonaukowych
“Od lat w Biobanku UMB gromadzimy próbki nowotworowe i budujemy bazę danych multiomicznych. Dzięki grantowi PowerOMICS możemy je w pełni wykorzystać – łącząc genomikę, transkryptomikę, metylom i mikroRNA w zintegrowane modele. Naszym celem jest identyfikacja biomarkerów, które realnie poprawią diagnostykę i prognozowanie raka. To podejście otwiera nowe możliwości w medycynie precyzyjnej i sprzyja współpracy interdyscyplinarnej.”
dr Magdalena Niemira, kierownik projektu PowerOMICS
Odpowiedzi na pytania dotyczące genomiki
Dlaczego Uniwersytet Medyczny w Białymstoku jest liderem w badaniach genomicznych w Polsce?
Uniwersytet Medyczny w Białymstoku (UMB) dysponuje unikalną infrastrukturą badawczą łączącą Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych (LGAE) z nowoczesnym sprzętem NGS oraz Laboratorium Obliczeniowe Medycyny Molekularnej (LOMM) z zaawansowanymi narzędziami bioinformatycznymi. Laboratorium genomowe (LGAE, kierownik: dr Magdalena Niemira) posiada szereg aparatów do wysokoprzepustowego sekwencjonowania NGS wielu genomów ludzkich jednocześnie, jak np. Illumina NovaSeq X plus (analiza 128 genomów człowieka jednocześnie), Illumina NovaSeq 6000 czy diagnostyczny Illumina NovaSeq 6000 Dx, jak i sekwenatory o mniejszej skali – np. Illumina NextSeq 500, MiSeq. W UMB realizujemy projekty międzynarodowe, w których prowadzimy badania genomowe bazujące na własnym sprzęcie i zasobach obliczeniowych. Nowoczesny Biobank UMB oraz tysiące danych multiomicznych stanowią unikalne zasoby np. dla badań translacyjnych w onkologii.
Jakie technologie sekwencjonowania NGS wykorzystuje projekt PowerOMICS?
PowerOMICS wykorzystuje platformę Illumina NovaSeq X plus i Illumina NovaSeq 6000 do sekwencjonowania prób w następujących technologiach: eksomy (WES – Whole Exome Sequencing), transkryptomy (RNA-Seq – RNA sequencing), metylomy (RRBS – Reduced Representation Bisulfite Sequencing) oraz miRNA (smallRNA-Seq – small RNA sequencing). Dodatkowo stosujemy technologię nCounter NanoString pozwalającą zliczyć setki cząsteczek mRNA lub miRNA w jednej reakcji. Te zaawansowane metody NGS pozwalają na kompleksową charakterystykę molekularną nowotworów i identyfikację biomarkerów na cele translatycjne.
Na czym polega integracja danych multiomicznych i klinicznych w badaniach nad rakiem?
Integracja danych multiomicznych łączy informacje z różnych warstw molekularnych pacjentów, analizowanych dla tkanek guza i tkanek nieobjętych transformacją nowotworową (podejście liquid biopsy – ciekła biopsja), takich jak: genom (WGS), eksom (WES), transkryptom (RNA-Seq), metylom (RRBS) i miRNA (smallRNA-Seq), z danymi klinicznymi pacjentów, takimi jak stan pacjenta, odpowiedź na leczenie i przebieg choroby. To podejście pozwala nie tylko przeprowadzać głębokie profilowanie np. guzów różnego typu nowotworów, ale także identyfikować biomarkery prognostyczne i predykcyjne niedostępne w tradycyjnych badaniach jednowymiarowych. W projekcie PowerOMICS wykorzystując zaawansowane analizy bioinformatyczne, machine learning i technologie AI, budujemy modele prognostyczne wspierające personalizację terapii w onkologii precyzyjnej.
Czym wyróżnia się Biobank Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku?
Biobank UMB działa zgodnie z wymogami certyfikacji ISO 20387 i posiada w pełni zautomatyzowaną infrastrukturę (HAMILTON BiOS L5, system LIMS) do przechowywania i zarządzania próbkami biologicznymi w zgodności z GDPR i międzynarodowymi standardami BBMRI-ERIC. Kolekcja onkologiczna, budowana od 2016 roku, obejmuje tysiące próbek nowotworowych (tkanki, FFPE, krew, osocze) z kompleksowymi danymi klinicznymi i multiomicznymi (WGS, RNA-Seq, RRBS, miRNA). Biobank ściśle współpracuje z Centrum Badań Klinicznych UMB oraz Uniwersyteckim Szpitalem Klinicznym UMB, umożliwiając bezproblemowy dostęp do wysokiej jakości zbankowanych prób i danych dla zaawansowanych badań translacyjnych. Wdrożone w Biobanku UMB procedury zapewniają zgodność z najwyższymi międzynarodowymi standardami jakości i bezpieczeństwa.
Jak bioinformatyka oraz AI wspierają diagnostykę i prognozowanie w nowotworach?
Narzędzia bioinformatyczne, w tym te wykorzystujące uczenie maszynowe i sztuczną inteligencję (AI), umożliwiają przetwarzanie wielkoskalowych danych z sekwencjonowania NGS oraz identyfikację biomarkerów molekularnych za pomocą zaawansowanych algorytmów obliczeniowych. Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM UMB, kierownik: dr Karolina Chwiałkowska) wykorzystuje te technologie do analizy tysięcy zestawów danych z próbek nowotworowych w celu budowania modeli predykcyjnych w onkologii. Modele te, przekształcane później w testy diagnostyczne, mogą pozwolić na przewidywanie przebiegu choroby, odpowiedzi na terapię i ryzyko wznowy, wspierając decyzje kliniczne.
Czym różni się metylom od genomu i dlaczego jest ważny w badaniach nad rakiem?
Metylom to mapa metylacji DNA – modyfikacji epigenetycznej obejmującej dodanie grupy metylowej do nukleotydu w DNA – cytozyny. Metylacja DNA nie zmienia sekwencji DNA, ale jest związana ze zmianą organizacji chromatyny, modulacją ekspresji genów oraz stabilności genomu. Zestaw metylacji DNA w danej próbce – np. guzie pacjenta - nazywamy metylomem. Metylom jest dynamiczny i zmienia się w odpowiedzi na czynniki środowiskowe i jest często zaburzony w nowotworach. Analiza metylacji DNA (RRBS) pozwala wykryć wczesne zmiany epigenetyczne w rakach i zidentyfikować biomarkery diagnostyczne oraz cele terapeutyczne. Nasz zespół od lat prowadzi badania nad metylomami nowotworów litych.